PyMOL实用技巧分子三维结构可视化

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PyMOL是一个分子三维结构显示软件,适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。在前面的推文中,一木为大家分享了PyMOL使用的一些基本操作,相信大家已经基本了解了PyMOL这款分子结构作图软件,并且已经可以初步绘制一些图像,本期内容一木继续为大家分享PyMOL使用过程中的一些实用的小技巧。

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非天然氨基酸突变

在PyMOL的入门基础教程中,一木为大家介绍了在PyMOL中如何进行氨基酸突变,除了突变为天然氨基酸外,可能也需要突变为非天然氨基酸,如果使用Builder自行构建,比较费时。这里为大家推荐一款插件--PySwissSidechain。这个插件能够将PDB结构的任何残基突变为SwissSidechain数据库的非自然的L-或D-侧链之一,SwissSidechain数据库可提供数百种非天然氨基酸侧链的结构,该数据库中包含的侧链类型可在以下地址查看:




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